Aplicações

As aplicações disponíveis no ambiente do CAPDA são disponibilizadas pelo time de TI através do gerenciador de pacotes EUPS e, caso não encontre a aplicação que deseja pré-instalada, você pode fazer a instalação no seu diretório pessoal HOME ou solicitar que o time de TI faça a instalação no ambiente enviando e-mail para [helpdesk@linea.gov.br]. É possível disponibilizar mais de uma versão das aplicações e bibliotecas.

Para verificar a lista completa e as versões das aplicações instaladas, use os comandos abaixo:

Note

É possível solititar a instalação de aplicações e bibliotecas enviando e-mail ao nosso suporte em helpdesk@linea.gov.br.

No assunto coloque Instalação <nome aplicação/biblioteca> versão n.n, no corpo da mensagem descreva suas preferências para a instalação e informe a url/site de onde a equipe de suporte poderá baixar.

Lista resumida de aplicações e bibliotecas

A lista completa de compiladores, aplicações e bibliotecas em todas as suas versões disponíveis no ambiente do CAPDA está disponível em nosso repositório central aqui.

- nome versão+revisão
1 aladin 10.016+0
2 angbao 1.0.0+0
3 annz 2.0.0+0
4 annz2 2.2.0+0
5 aplpy 1.1.1+0
6 arborz 2.01+0
7 argparse 1.2.1+1
8 asn1crypto 0.24.0+0
9 astlib 0.8.0+0
10 astroml 0.3+0
11 astropy 2.0.5+1
12 atlas 3.10.3+0
13 bpz 1.99.6+0
14 cairo 1.14.8+0
15 camb 2013.09+1
16 cfitsio 3410+0
17 cmake 2.8.8+0
18 contours_plot 1.5.0+0
19 corner 2.0.1+0
20 cosmocalc 0.1.2+1
21 cosmolopy 0.1.104+1
22 cosmosis 1.4+1
23 cosmosis_portal 1.4dmpp+1
24 cropimg 2.0.1+0
25 cryptography 2.3.1+0
26 cute_cross 1.0+0
27 cx_oracle 5.1.1+2
28 cython 0.28.1+1
29 d2to1 0.2.12.post1+1
30 ddist 1.0+1
31 decorator 4.3.0+0
32 dill 0.2.8.2+0
33 dislin 10.4+2
34 distribute 0.7.3+1
35 disutils2 0.2.10+3
36 dnf 4.0.2+0
37 easyaccess 1.4.3+0
38 easyquery 0.1.3+0
39 eclipse 5.0.0+0
40 elasticsearch 6.3.1+0
41 emcee 1.2.0+0
42 emcee 2.1.0+0
43 ephem 1.0+0
44 esutil 0.6.1+1
45 expect 5.45+0
46 f2py 1.0+0
47 fftw 3.3.5+1
48 fitsio 0.9.10+3
49 flask 2018.09.14+0
50 flask 2019.03.28+0
51 fpack 1.6.0+1
52 funtools 1.4.4+1
53 galsim 1.5+0
54 gary 1.0+0
55 gcc 4.7.2+0
56 gcc 4.9.3+0
57 gcc 4.9.3+1
58 gcr 0.8.7+0
59 gcr_catalogs 0.10.1+0
60 gd 2.0.35+1
61 gettext 0.18.2+0
62 gmp 5.1.3+0
63 gnuplot 5.0.6+0
64 graphmask 2.0+1
65 gsl 2.4+0
66 h5py 2.9.0+0
67 hdf5 1.10.5+0
68 healpix_c 3.31+0
69 healpix_cpp 3.31+0
70 healpix_fortran 3.31+0
71 healpix_util 07072016+0
72 healpy 1.12.9+0
73 idna 2.7+0
74 ifort 17.0.1+0
75 ifort32 11.1.056+1
76 ifort64 11.1.056+1
77 imagemagick 6.8.6+9
78 ipython 6.5.0+0
79 java 1.6.0.45+1
80 javafits 0.91+1
81 jdk 1.8.0_211+0
82 jython 2.5.3+2
83 lapack 3.4.2+0
84 lephare 2.2.2+0
85 libelf 0.8.13+0
86 libffi 3.2.1+0
87 libjpeg 8d+0
88 libpng 1.2.50+1
89 libtiff 4.0.3+1
90 libxml2 2.7.7+1
91 libxslt 1.1.26+1
92 lmfit 0.9.7+0
93 lxml 2.2.7+1
94 matplotlib 2.0.2+0
95 mercurial 2.5.2+0
96 mlz 1.2+1
97 montage 3.3+0
98 mpfr 3.1.5+0
99 mpi4py 1.3+4
100 mpich2 1.5+2
101 naif n0065+0
102 namaster 1.0+0
103 ncurses 5.9+0
104 netliblapack 3.4.1+1
105 nima 7.0+0
106 nose 1.3.7+1
107 numcosmo 0.13.3+0
108 numeric 24.2+0
109 numexpr 2.6.9+0
110 numpy 1.14.0+1
111 openblas 0.2.19+0
112 openmpi 2.1.1+0
113 openssl 1.1.1-pre8+0
114 oracleclient 11.2.0.3.0+4
115 oracle_javafits 1.0+1
116 pandas 0.18.1+3
117 pango 1.28.4+0
118 pexpect 4.6.0+0
119 pgplot 5.2+0
120 pgsphere 1.1.1+0
121 pickleshare 0.7.4+0
122 piff 0.1.0+0
123 pil 1.1.7+0
124 pillow 2.2.1+0
125 pixman 0.34.0+0
126 pixmappy 1.0+0
127 plplot 5.9.9+4
128 postgresql 9.2.4+0
129 postgresql 9.2.4+1
130 postgresqlclient 8.4.4+0
131 pprocess 0.5.1+0
132 praia 30.6.1+0
133 praia_targets_jpl 20.01+0
134 praia_targets_search 1.0+0
135 prompt_toolkit 2.0.4+0
136 psutil 5.4.7+0
137 pyfits 3.4+1
138 python 2.5.4+2
139 python 2.7.15+0
140 python 2.7.3+2
141 python 3.4.3+0
142 python 3.6.0+0
143 R 3.1.2+0
144 root 5.34.25+0
145 ruby 1.8.7+0
146 rubygems 2.4.5+0
147 scipy 0.18.0+5
148 scipy 1.2.0+1
149 sextractor 2.8.6+1
150 six 1.11.0+0
151 skymapper 2.0.0+1
152 skynet 1.2+1
153 starhorse 1.0+0
154 starhorse 2.0+0
155 stilts 3.0.1+0
156 stsci 0.3.2+1
157 topcat_full 4.4+0
158 topcat_lite 4.4+0
159 traitlets 4.3.2+0
160 treecorr 3.3.7+0
161 treecorr 4.0.1+0
162 trilegal 1.7+0
163 vim 7.4+0

EUPS

EUPS é um sistema similar ao modules que permite um gerenciamento simples, e ao mesmo temp robusto, de múltiplas versões de uma aplicação em ambientes *nix, bem como suas dependências.

Attention

As intruções abaixo são válidas para o ambiente do cluster Ice-X e Apollo 2000

Configurar ambiente com eups

Antes de utilizar o eups é preciso configurá-lo em sua sessão/ambiente, para isso faça:

source /mnt/eups/linea_eups_setup.sh 

Como listar as aplicações instaladas?

Para listar as aplicações/bibliotecas instaladas no eups basta executar os comandos abaixo:

eups list

Como configurar uma aplicação e suas dependências?

source /mnt/eups/linea_eups_setup.sh     # Inicializa o eups na sua sessão
setup pyfits 3.4+0                       # Adiciona/configura o pacote pyfits, na versão 3.4, revisão 0 na sua sessão
unsetup pyfits                           # Remove o pacote pyfits da sua sessão

Tip

Ao configurar um pacote que está no repositório EUPS, na sua sessão, todas as suas dependências também são adicionadas automaticamente. Caso queira visualizar as dependências durante a configuração basta adicionar o parâmetro -v, neste caso o comando do exemplo ficaria setup -v pyfits 3.4+0.